再全面了解病史的基础上，分清疾病的主次，恰当地进行取穴，可根据相应部位，中医辨证，耳穴功能和临床经验的原则来取穴。
　　（1）根据相应部位取穴：内脏、肢体、器官等发生病变，在耳郭相应部位有压痛点（或反应点），可作为取穴的根据。例如胃病取胃穴，踝关节扭伤取踝关节穴等，可用钝头探棒查找出压痛点。
　　（2）根据中医理论辨证取穴：根据中医脏腑学说，肝与胆，心与小肠，肾与膀胱，脾与胃互为表里，因而肝病又取胆穴，心脏病取小肠穴，肠炎取肺穴。根据肝开窍于目，心开窍于舌，脾开窍于口（-|-#-!-Chun），肺开窍于鼻，肾开窍于耳的中医理论，因而眼病又取肝穴，中耳炎取肾穴，鼻炎取肺穴。根据肝主筋，心主血，脾主肌肉，肺主皮毛，肾主骨的理论，因而皮肤病又取肺穴，骨科病取肾穴，肌肉病又取脾穴。
　　（3）根据西医理论取穴：皮质下穴有调节大脑皮层的功能，因而神经系统的病症要取皮质下穴，交感穴有调节自主神经的功能，因而内脏病痛要取交感穴，平喘穴有调节呼吸中枢及抗过敏的功能，因而哮喘要取平喘穴。
　　（4）根据临床经验取穴：通过大量临床实践，总结了治疗疾病的有效耳穴，如眼穴、肝穴、脾穴能治疗麦粒肿；神门穴、皮质下穴、热穴及相应部位（如踝关节扭伤，相应部位的耳穴是踝），能治疗扭伤；颈椎穴、颈穴、神门穴、外生殖器穴能治疗落枕；枕穴、额穴、枕小神经穴、神门穴、皮质下穴能治疗头痛。

　　注：本站耳朵反射区图，并非表示固定经穴部位，而仅表示大概位置。